أدانت المرجعية الدينية العليا في النجف، المتمثلة بالمرجع علي السيستاني، بأشد العبارات "العدوان العسكري المتواصل على الأراضي الإيرانية"، مؤكدة أن "العمليات أدت إلى استشـ ـهاد أعداد كبيرة من المواطنين والمدافعين وعشرات الأطفال والمدنيين الأبرياء"؛ وصرح المكتب في بيان رسمي بأن "اتخاذ قرار منفرد بشن حرب شاملة على دولة عضو في الأمم المتحدة لفرض شروط أو إسقاط نظام سياسي يعد بادرة خطيرة تخالف المواثيق الدولية وتنذر بنتائج بالغة السوء".

وأشار البيان إلى اتساع دائرة العمليات العسكرية لتشمل دولاً أخرى في المنطقة، مما تسبب في أضرار جسيمة لمرافقها في مشاهد لم يعهدها الإقليم منذ أمد بعيد، محذراً من أن استمرار هذا النهج قد يتسبب في نشوب فوضى عارمة واضطرابات واسعة تلحق الويلات بشعوب المنطقة وتؤثر على المصالح الدولية لفترات طويلة.

ودعت المرجعية جميع المسلمين وأحرار العالم إلى التضامن مع الشعب الإيراني والتنديد بهذه "الحرب الظالمة"، كما ناشدت الجهات الدولية الفاعلة والدول الإسلامية بذل أقصى الجهود لإيقاف الحرب فوراً، والعمل على إيجاد حل سلمي عادل للملف النووي الإيراني بما يتوافق مع قواعد القانون الدولي.